撤稿日记：从借酒消愁到统计分析的潜在问题

Original 2016-12-21 士奇知社学术圈

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作为科研工作者，撤稿想必是最不愿见到的情形。抛开学术道德和利益冲突层面上的问题，其他因素也可能导致这一结果。当这样的事情真得发生在自己头上，我们能否客观冷静地处理呢？德克萨斯大学奥斯汀分校的生态学家丹尼尔·伯尼克 (Daniel Bolnick) 就遭遇了这样的变故，而他的故事让我们对于统计分析工作有了更多的思考。

早在2009年，丹尼尔在期刊《Evolutionary Ecology Research》上发表了题为“Diet similarity declines with morphological distance between conspecific individuals”的文章。事隔多年，他认识到了以往工作中的重大问题，他错误地使用了由R编写的统计工具。他和同事无法再现当时的数据，最终选择主动联系期刊，要求撤稿。有趣的是，他将自己的经历写在了博客当中，而Retraction Watch的记者也就此对他进行了采访。

丹尼尔·伯尼克，德克萨斯大学奥斯汀分校

记者：对于你自己统计分析的错误，你提出了很有趣的解释：凭借目测，没觉得数据有什么意义。但当代入数值之后，尽管不太明显，却（错误地）显现出了重要性。所以你就发表了结果。这一经历是否让你感受到，相信自己直觉的重要性？或者说观察数据时的“目测”结果？

丹尼尔：部分来说是的。但实际上，确实也会有微弱但颇具重要性的情况。真正的趋势可能需要在进行相当的变量控制下才会显现，所以y~f(x)的函数图就像是霰弹枪打出来的，只有引入变量z的时候，y才能够依赖于x而变化。换言之，二维图表可能无法捕捉真正的趋势。所以我仍然认为，我们的眼睛虽然有用，但不足以提供判断的充分依据。这也是我们为什么会研究统计学。我们需要做出正确的统计分析。

记者：所以你当初认为的结论——表型相似的动物有着相近的饮食——变成了错的。这是否让你觉得很惊讶？

丹尼尔：没错，这让我非常吃惊。尽管目测没有看出什么，但我确实在潜意识里倾向于接受那种“重要的”趋势，因为我真心地希望结果是这样。实际上，我仍然相信这个假设，但这需要我在饮食测量和形态学方面做出更有效的工作。我也有其他数据，在其他杂志发表过文章，这些都让我强烈地认为那种现象是对的，即便它通过这种特殊的方法，在这个群体或者年代中没有出现。

记者：这是你的第一次撤稿吗？有什么感想？

丹尼尔：是的。我觉得很糟糕，情绪非常消沉，那天晚上完全没睡好觉。不过当我发现了错误后，立即联系了期刊。正式的撤稿声明登在了下一期杂志中。

借酒消愁，沉浸在R代码的悲痛中

记者：我们注意到，期刊完全地删掉了这篇论文——这是有悖于出版伦理委员会 (Committee of Publishing Ethics) 的撤稿指南的。这是你决定写一篇博客的原因吗？

丹尼尔：并不是，我也有这篇文章的副本，任何人都可以来读它。

记者：你不仅介绍了自己的错误，还记录了最终的撤稿，这并不是你乐意干的事。如你所说：“提出撤稿毫无疑问地伤害了我的自尊心，写撤稿信很难受，但我视其为对自己的处罚。”多数学者不会在自己撤稿时写这样的公开博客，为什么你要这么做？

丹尼尔：这是一种补赎。如果在500年前，我可能会穿过城镇广场，鞭笞自己的后背。现在这样当然更文明，也好接受一些。实际上，写这篇博客最为有趣之处在于统计规范中的错误观念。要知道，R语言已经席卷并占领了生物学领域。时髦的学者都会用这个，我也总把自己视为R的铁杆用户。这次经验让我能够停下来思考。这确实是一个综合的教训。之所以发现问题，是因为我将R代码都保存了下来，能够追溯每一个分析决定的每个步骤，从而查找出错误。这是R的优势。但问题的出现在于，我像很多学者一样，并不是编写代码的专家，至少那时不是R的专家。所以对于R的过分信赖最终导致了这种错误的产生。我所学到的是，R是一把双刃剑，我们需要谨慎使用。这也是我希望告诫大家的，以避免未来的错误。

丹尼尔对文章所做的修正

记者：你提到其他学者也会出现类似的统计错误，这最好能在审稿过程中进行检查。不过你也承认，这不仅需要审稿人的时间，也需要他们具有专业能力。但实际上这很难做到，对此你有什么见解？

丹尼尔：从2018年1月开始，我将担任《The American Naturalist 》的主编，这是美国最古老的科学期刊。从实际的角度出发，你谈的问题确实说到点上了。目前来看，我们有这些障碍：

1. 并非每位学者在使用统计分析工具时都会记录下每一个步骤。鉴于这可能导致编程出现错误，我们无法要求大家都这么做。这意味着这很可能无法作为审查的强制性环节。

2. 任何要求提供这种标注良好的可重复代码，以便审稿过程参考的期刊，它们都将面对投稿量骤跌的局面。这需要在许多优秀期刊之间进行协商。

3. 如果我们要求审稿人审查R代码，那么他们要么会更多地拒绝审稿请求，要么就更多地粗略完成工作。况且很多优秀的审稿人并不懂得如何适当地审查代码。

可能的解决方案有这些：

1. 首先将这个要求定为自愿项目。为了激励学者们采用，我们会为通过代码审查的论文赋予特别的标记。作为读者，我将更信任具有这种标记的论文，也更愿意引用它。作者会乐于获得它，读者也会认可其价值。

2. 专门寻找一些能够进行代码审查的审稿人或编辑。这可能要和通常的审稿程序相区分，可能不需要主题相关的专业知识。最简单的办法就是雇人来做，同时向作者收取少量费用，使其文章接受代码审查，并获得认证标记。

3. 折衷的办法是要求在审稿和出版时，同时提供数据和相关代码。代码并不会接受正式的审查，但审稿人拥有审查的权力。这能够给作者带来一定威慑和激励，使其认真注释其代码并进行审校。这样做可能会存在一些问题。基本上这是把校对工作派回给了作者，不过我们能够使其比平时更用心地完成这一步骤。

参考资料

http://ecoevoevoeco.blogspot.ca/2016/12/wrong-lot.html